Das Dominikanerkloster wurde 1275 im Auftrage von Johann II. erbaut und hieß "Schwarzes Kloster" oder auch "Schwarzes Mönchs Kloster" und wurde 1334 fertig gestellt. Sie wurde mit Hilfe des seit 1000 bekannten Kompaß gebaut. Da man aber die genaue magnetische Deklination noch nicht kannte, steht die Kirche nicht genau in Ost-West-Richtung. Im nördlichen Teil des Westgiebels, fast neben der Kirchentür, befand sich der ursprüngliche Eingang zum Kloster, der Beim Umbau beseitigt wurde.
Zugleich erfolgte auch der Kirchenbau, der nach einem vorgenommenen Umbau 1343 neu geweiht wurde. 1519 brannten die Klosteranlagen vollkommen aus. Seit dem 14.Jahrhundert wurde das bestehende Münzrecht der Stadt in den umfangreichen Kelleranlagen ausgenutzt. 1545 wurde das Kloster säkularisiert und als kurfürstliches Kornmagazin eingerichtet. Am 20.5.1545 übergab offiziell Bartholomäus Marten als letzter Prior des Klosters die Anlage an die Stadt. Prenzlauer Münzen aus Kupfer wurden in den Kellern noch 1622 geprägt.
Ein umfangreicher Umbau unter Erhaltung der Seitenmauern und Giebel erfolgte 1718 und ein weiterer Ausbau zum Gefängnis und zur Armenanstalt 1828.
Die Klostergebäude haben längere Zeit zu Wohn- und Wirtschaftszwecken gedient und wurden teils als Stadtarmenhaus, teils als Stadtkrankenhaus genutzt.
Einen besonders malerischen Raum birgt das Dominikanerkloster in seinem zweischiffigen, mit 8 Kreuzgewölben überspannten alten Refektorium, das drei schlanke Mittelsäulen als Monolite besitzt. Im Refektorium ist eine 1516 entstandene Wandmalerei zu großen Teilen noch heute erhalten, nachdem sie in den 20er Jahren des 20. Jh. freigelegt und restauriert worden war.
Der große Kreuzgang ist mit Rippengewölben überdeckt, welche auf Konsolen ruhen. Ab 1930 wurden dann alle Räume am Kreuzgang vom Museum in Anspruch genommen.
Mitten im Friedgarten des Klosters liegt der zugewölbte und mit einer Ruhebank besetzte Brunnen, auf dem auch ein größerer Baum Platz gefunden hat. An den Südwänden der Kirche standen die beiden Denkmale von Nobiling, Sebastian Ludwig und Hertz (1823 errichtet), die ihren ursprünglichen Standort am Nordende des Stadtparks hinter dem Grundstück Stettiner Straße Nr. 1 hatten.
Im Chorraum gab es am Altar zwei Inschriften. An der Nordseite stand:
"Anno Domini 1275 3. Nonae Maii fundata est ecclesia ista in honorem St. Crucis.
Anno Domini 1343 in die Beati Gregorii consecrata est ecclesia et summum altare in honorem S. Crucis, trium Regum, S. Martini Episcopi et decem Millia Militum factum.
Anno Domini 1375 (Anmerkung: heißen muß es 1275) 4. Nonae Junii fratres Praedicatores ad voluntatem Dominorum Marchionum et consulum civitatis renuntiaverunt juri suo, quod in ecclesia S. Nikolai habuerunt et pro eo locum istum receperunt ac in eodem ecclasiam et claustrum aedificare coeperunt."
Im Jahre des Herrn 1275 dem 3. Tag vor den Kalenden des 7. Mai (5. Mai 1275) wurde diese Kirche zur Ehre des heiligen Kreuzes gegründet.
Im Jahre des Herrn 1343 dem seligen Tage des Papstes Gregor (12. März 1343) wurde die Kirche und der Hochaltar geweiht zur Ehre des heiligen Kreuzes, der 3 Könige, des Heiligen Martin und den 10.000 Militärs.
Im Jahre des Herrn 1375 dem 4. Tag vor den Kalenden des 5. Juni (2. Juni 1275) verzichteten die Predigermönche mit Zustimmung des Markgrafen und der Ratsherren auf das Recht, welches sie durch die Nikolaikirche hatten und empfingen dafür diesen Platz und begannen darauf den Bau der Kirche und des Klosters.
An der Südseite stand:
"Anno Domini 1281 4. Idus Septembris obiit Marchio Johannes Fundator istius conventus.
Anno Domini 1287 5. Idus Septemb. obiit domina Hedwig uxor Marchionis Johannis Praedicti, quae dedikt nobis ortum.
Anno Domini 1396 1. Nonae Decembris obiit Herrmann Jago, praefectus huius civitatis, sincerus fratum fautor et amicus, sepultus hic sub lampade, quae in eius memoriam jugiter debet ardere et omni die in summo altari pro eius memoria missa non debet deficere."
Im Jahre des Herrn 1281 dem 4. Tag vor den Kalenden des 13. September (10. September 1281) starb Markgraf Johannes der Gründer dieses Klosters.
Im Jahre des Herrn 1287 dem 5. Tag vor den Kalenden des 13. September (9. September 1287) starb Frau Hedwig Gemahlin des Markgrafen Johannes, des Gründers dieses Klosters.
Im Jahre des Herrn 1396 dem 1. Tag vor den Kalenden des 5. Dezembers (5. Dezember 1396) starb Jago, Herrmann v. , Schultheiß dieser Stadt, ein Wohltäter und Freund der Brüder und wurde unter dieser Lampe begraben, die zu seinem Gedächtnis ewig brennen soll und an jedem Tag durch eine Messe am Hochaltar Erinnerung finden soll.
Quellen:
• Adreßbücher der Stadt Prenzlau in mehreren Jahrgängen
• Stadtpläne der Stadt Prenzlau und Umgegend aus mehreren Jahren
• "Die Prenzlauer Straßen und ihre Geschichte", Alfred Hinrichs, maschinenschriftliche Aufzeichnungen, 1954
• "St. Nikolai - Versuch einer Chronik!", Dr. Buchholz, Verlag C. Vincent, Prenzlau