Seit 1577 war der Gottesdienst der Pfarrgemeinde aus der St. Nikolaikirche in die Klosterkirche Zum heiligen Kreuz verlegt worden. Der Name wurde auf die neue Gottesdienstliche Stätte übertragen und hat so den alten Namen vollständig verdrängt. 1609 wurde der neue Altar geweiht. 1621 erhielt die Kirche eine vom Prenzlauer Bildhauermeister Tobias Schröder angefertigte Taufe geschenkt, die vom Superintendenten Finck eingeweiht wurde. 1622 wurde im Chor nahe der Tür zur Sakristei ein neuer Beichtstuhl aufgestellt. 1629 wurden die Orgel renoviert und die Pfeifen erneuert. 1660 wurde das Kirchendach über dem Chor umgedeckt. 1788 (am 19. Sonntage nach Trinitas) wurde die vom Orgelbauer Buchholz aus Berlin neu errichtete Orgel durch den Prediger Gottlieg Benjamin Flist eingeweiht.
In den Renaissancealtar sind Teile eines älteren, gotischen Altars übernommen worden.
1806 benutzten die Franzosen die Sakristei der „neuen“ Nikolaikirche als Hafermagazin. Eine größere Innenrenovierung der Kirche wurde 1874 vorgenommen, wobei auch der Renaissancealtar von 1609 überholt wurde.
Im Adreßbuch 1935 hat die St. Nikolaikirche die Haus-Nr. Schulzenstraße 501.
früher Dominikanerklosterkirche Zum heiligen Kreuz 
Im Chorraum gab es am Altar zwei Inschriften. An der Nordseite stand:
"Anno Domini 1275 3. Nonae Maii fundata est ecclesia ista in honorem St. Crucis.
Anno Domini 1343 in die Beati Gregorii consecrata est ecclesia et summum altare in honorem S. Crucis, trium Regum, S. Martini Episcopi et decem Millia Militum factum.
Anno Domini 1375 (Anmerkung: heißen muß es 1275) 4. Nonae Junii fratres Praedicatores ad voluntatem Dominorum Marchionum et consulum civitatis renuntiaverunt juri suo, quod in ecclesia S. Nikolai habuerunt et pro eo locum istum receperunt ac in eodem ecclasiam et claustrum aedificare coeperunt."
Im Jahre des Herrn 1275 dem 3. Tag vor den Kalenden des 7. Mai (5. Mai 1275) wurde diese Kirche zur Ehre des heiligen Kreuzes gegründet.
Im Jahre des Herrn 1343 dem seligen Tage des Papstes Gregor (12. März 1343) wurde die Kirche und der Hochaltar geweiht zur Ehre des heiligen Kreuzes, der 3 Könige, des Heiligen "Martin" und den 10.000 Militärs.
Im Jahre des Herrn 1375 dem 4. Tag vor den Kalenden des 5. Juni (2. Juni 1275) verzichteten die Predigermönche mit Zustimmung des Markgrafen und der Ratsherren auf das Recht, welches sie durch die Nikolaikirche hatten und empfingen dafür diesen Platz und begannen darauf den Bau der Kirche und des Klosters.
An der Südseite stand:
"Anno Domini 1281 4. Idus Septembris obiit Marchio Johannes Fundator istius conventus.
Anno Domini 1287 5. Idus Septemb. obiit domina Hedwig uxor Marchionis Johannis Praedicti, quae dedikt nobis ortum.
Anno Domini 1396 1. Nonae Decembris obiit Herrmann Jago, praefectus huius civitatis, sincerus fratum fautor et amicus, sepultus hic sub lampade, quae in eius memoriam jugiter debet ardere et omni die in summo altari pro eius memoria missa non debet deficere."
Im Jahre des Herrn 1281 dem 4. Tag vor den Kalenden des 13. September (10. September 1281) starb Markgraf Johannes der Gründer dieses Klosters.
Im Jahre des Herrn 1287 dem 5. Tag vor den Kalenden des 13. September (9. September 1287) starb Frau Hedwig Gemahlin des Markgrafen Johannes, des Gründers dieses Klosters.
Im Jahre des Herrn 1396 dem 1. Tag vor den Kalenden des 5. Dezembers (5. Dezember 1396) starb Herrmann Jago, Schultheiß dieser Stadt, ein Wohltäter und Freund der Brüder und wurde unter dieser Lampe begraben, die zu seinem Gedächtnis ewig brennen soll und an jedem Tag durch eine Messe am Hochaltar Erinnerung finden soll.
Erklärung zum Julianischen Kalender:
"Idus" - bezeichnet in den Monaten März, Mai, Juli und Oktober den 15. und in den übrigen Monaten den 13. Tag eines Monats
"Nonae" - bezeichnet in den Monaten März, Mai, Juli und Oktober den 7. und in den übrigen Monaten den 5. eines Monats
Von diesen Tagen zählte man rückwärts, es wurde sowohl der bestimmende Tag als auch der, von dem man rückwärts zählt, mitgerechnet.
Quellen:
• Adreßbücher der Stadt Prenzlau in mehreren Jahrgängen
• Stadtpläne der Stadt Prenzlau und Umgegend aus mehreren Jahren
• "Die Prenzlauer Straßen und ihre Geschichte", Alfred Hinrichs, maschinenschriftliche Aufzeichnungen, 1954
• "St. Nikolai - Versuch einer Chronik!", Dr. Buchholz, Verlag C. Vincent, Prenzlau